汉武帝刘彻（黄晓明饰）初为太子时空有抱负但没有实权，他结交了张汤（张明健饰）、灌夫（贾宏伟饰）、李陵（刘冠翔饰）、郭舍人（刘潇潇饰）等有志青年，自称为“太子党”。窦太后（陈莎莉饰）为维护窦氏家族利益企图废太子立梁王，刘彻孤立无援，宫内只有姐姐平阳公主（陈紫函饰）真心待他。起初刘彻玩世不恭屡遭陷阱，直到遇到了秋蝉（刘怡君饰）、料事如神的东方朔（陈道明饰），以及令他魂牵梦萦的名妓念奴娇（贾静雯饰），他的帝王之旅才正式开始。在“太子党”众多朋友和东方朔的帮助下，刘彻终于成为了汉武帝。本剧是历史传奇剧，为了避免观众混淆历史，在北京版播出之前做了改动，东方朔改名为东方慧，张汤改为张固，灌夫改为关夫，李陵改为为李勇，郭舍人改为郭得仁。张骞更名为张远。所以剧中人名有两个版本。

本剧集故事承接第一部剧情，讲述汉武帝刘彻（黄晓明饰）经过五年执政后进入他实施雄才大略阶段的故事。已坐稳皇帝宝座的刘彻，此时却触景生情，感慨当年亲如手足的兄弟们多已不在人世，唯一仍在人世的李勇（杜淳饰）却陷落匈奴手中，东方朔也一去不复返。　　历经千难万险寻找李勇下落的秋蝉（刘芸饰），终于在匈奴找到他时却发现他已与匈奴公主成婚。汉武帝微服出游，邂逅长相酷似已逝的陈阿娇的歌伎李娃（何佳怡饰），不禁怜爱有加。不久李娃入宫成为刘彻的新宠。然而已为皇后的卫子夫（宁静饰）却预见陈阿娇的前车之鉴又要重演。汉武帝派汲黯（杨洪武饰）去寻访东方朔，无意间遇见了怀才不遇的狂士主父偃（王刚饰），认为是奇才，遂力荐主父偃入宫辅佐汉武帝。汉武帝听信谗言，将卫青（董勇饰）的兵权交给霍去病（李立饰）。

牛大宝（包贝尔饰）一心一意的喜欢着名为袁玉娥（王鸥饰）的女子，向其展开热烈的攻势，没想到却在误打误撞之中成为了京师总驿站皇华驿中的一员，之后，牛大宝震惊的发现袁玉娥原来是洪帮成员，而洪帮正是皇华驿大力打压清理的反清帮派之一。牛大宝虽然其貌不扬，却有着过人的智慧，他表面对皇华驿忠心耿耿，取得了驿长龙定海（林雪饰）的信任，另一方面，他又屡屡在袁玉娥陷入危难之际对其伸出援手，更因此结识了春花（贾玲饰）和铁千顶等一干能人志士。牛大宝发现皇华驿中正在酝酿一个险恶的阴谋，他能否凭借着自己的勇气和智慧，破获这一阴谋，保护百姓的平安呢？

该剧讲述明宪宗年间，宦官专权，残害忠良。侠客赵怀安在营救忠良行动中，引来东厂主万喻楼和西厂督主雨化田的追杀。赵怀安等人一路亡命，投宿龙门客栈。江湖险恶充斥血雨腥风，荒凉大漠儿女情长中。

清朝初期，赵语星与李彩凰因叛军之乱而分离。语星为了查找全家被杀的真相，也为了寻找彩凰，在御前侍卫岳鬃麟的帮助下，成功考入御膳房，并在那里遇到了彩凰。自此，两人被卷入了风谲云诡的宫中生活。语星向来聪慧睿智，她协助鬃麟侦破了福晋被杀案、解除了福陵的瘟疫之灾、破解了真假萩祺案，与鬃麟一起平息了哲理的叛乱，帮助萩祺晋升为梅妃。语星也最终找到了父母被杀的真相，与鬃麟归隐田园。

20世纪初，国内外局势动荡不安。羸弱衰败的满清帝国勉勉强强扶正了最后一位皇帝宣统登台，而在王朝四野，革命的呼声愈加高涨。在此激流湍动的威望时刻，各方势力激烈碰撞，此消彼长，千万人的身家性命被卷入这个前所未有的巨大漩涡之中。革命党领袖孙中山召集同盟会成员云集香港，商议举行反清活动。该消息被清廷获悉，于是密令广东将军铁山（胡东 饰）刺杀孙中山。出身商人家庭的留学生李重光（钟汉良 饰）在保护孙中山的行动中牺牲，与之偶然交错而改变命运的车夫阿四（钟汉良 饰）则在李父玉堂（吴刚 饰）的要求下假扮重光。　　冲突过后，铁山和李家的仇恨似乎更加激烈，而阿四也在命运的推动下，一步步成长为足以担当家国大业的男子汉……

北宋仁宗年间，瘟疫横行，人民离乱。仁宗不忍百姓遭受疾苦，遂派遣洪太尉（张铁林 饰）前往江西龙虎山迎请张天师祈禳瘟疫。谁知洪太尉狂傲自大，与张天师对面错失，更强开伏魔宝殿，放走了镇压于此三十六天罡七十二地煞。转眼到了徽宗年间，举朝上下随是一派和气光景，然当朝天子无心政要， 耽于玩乐；朝中更有蔡京、高俅之流弄权作势、颠倒黑白，陷害无数忠良。由着智取生辰纲这一事由，天王晁盖、及时雨宋江（张涵予 饰）、入云龙公孙胜（景冈山 饰）等一干侠义之士显现江湖。日后更与一百单八头目聚义梁山，搅得赵家天下无一宁日……　　本片根据中国古典四大名著《水浒传》改编。

闵柔（何佳怡饰）和丈夫玄素庄庄主石清（刘锡明饰）共同养育着两个儿子石中玉（蔡宜达饰）、石中坚（蔡宜达饰）。一场意外中，石中坚成为了梅芳姑的剑下冤魂，心碎欲绝的闵柔将全部的爱都寄托在了石中玉的身上。父母的溺爱让石中玉成长为了胸无大志整日里游手好闲为非作歹的纨绔子弟，为了让儿子重归征途，石清将石中玉送往了凌霄城练武学艺。哪知道桀骜不驯的石中玉竟然惹上了杀身之祸，惹得江湖各路人马纷纷想要除之而后快。与此同时，传说中的玄铁令重出江湖，有传闻道，摩天居士谢烟客（徐少强饰）将会满足得到玄铁令之人的任何要求。

故事发生在满清乾隆初年，少女魏璎珞（吴谨言 饰）随一众同龄秀女入选皇宫。璎珞美丽机敏，蕙质兰心，可是她入宫的初衷与其他女孩有所不同。由于姐姐被人杀害，璎珞决心进入紫禁城追查凶手。她误认为皇帝的弟弟傅恒...

远古时代，天地本无界，万物为求永生之道，皆因善恶动心起念，道不同不相为谋，渐形成了仙道与魔道两大势力，自此光明与黑暗对立。　　仙道为维护天地纪律、匡扶浩然正气，避免受到魔道破坏仙境，派出五大神兽，青龙、白虎、朱雀、玄武、麒麟五大尊者将具有魔道心性的生灵全部驱离仙境。　　不甘心被驱逐的妖兽，推派黑龙王为首，带领魔界邪灵妖兽们迎战反抗，撞毁四大天柱，引洪水泛滥，从此天地分界，烈火延烧七天七夜、生灵涂炭、哀鸿遍野。　　仙界将炼石补天的五色晶石打造成五大神器，朱霞镜、白灵珠、青云剑、金电钵、黑雷杖分别交由五大神兽前去平息乱象，麒麟尊者不幸遭到黑龙王的挟持，魔道妖兽才能安然逃至天外魔境。　　青龙以救出麒麟为名，号召四大神兽带着神器围剿魔境，黑龙王出面迎战，反被神器所伤，遭四大神兽制伏拿下，黑龙王从此被禁锢在昆仑仙境的仙母洞牢，以“千年寒冰石”冰封住，这场仙魔纷争才告平息。　　五百年后，修蛇贞儿（白蛇前世）化身为一妙龄女子，聪敏慧诘，贞儿和昆仑仙境修行的桑树神穹桑（许仙前世）相恋多年，因难舍情爱，修行因此受阻，迟迟未能位列仙班。玄武尊者（法海前世）身为仙境四大护法之一，因为碍于身份而不敢对修蛇贞儿表达爱意，只能暗恋，在一旁默默守护贞儿。　　此时，昆仑仙境里发生了大事件，火麟麟率魔界大军直捣仙境作乱，打算救走甫苏醒的黑龙王，并抢夺五大神器，昆仑仙境顿时干戈再起。　　因为五色晶石所打造的五大神器，天赋灵性，具有杀仙灭魔的能力，五大神器就成为仙魔争夺的宝物。贞儿因意外地将又白又亮的白灵珠一口吞下，她突感身裂欲焚，跃入天之池减轻痛苦，蛇身从此变白。　　贞儿从此拥有了白灵珠的神力相助，功力大增，为了保护穹桑，出手打退火麒麟等邪灵怪兽，因此也救了玄武（法海前世）及四大神器免落在魔界！同时玄武（法海前世）也爱上贞儿。魔界大军也因此无法将黑龙王救走，后来，火麒麟获知贞儿是她同父异母的姐妹，以亲情攻势让贞儿犯下天规，私自纵放黑龙王，并和黑龙王约法三章，千年之内，魔界不得再侵犯仙境。　　穹桑无端卷入了仙界与魔界的争战，因为协助贞儿将黑龙王放走，差点被青龙尊者打死，贞儿求观音大士大发慈悲救穹桑，观音大士明白贞儿吞下白灵珠定有其仙缘。遂提出只要穹桑和贞儿断了情爱，专心留在仙母洞里修行千年，直到修练成仙。贞儿为了救穹桑而答应，观音大士便帮贞儿赐名为白素贞。　　这段等待千年的凄美爱情也从此受到阻挠。　　穹桑和玄武尊者也因为了帮忙贞儿而甘受仙境惩戒，遭打落凡间受轮回之苦。穹桑用桂木做杆，以百叶做伞面赠予贞儿定情物，贞儿也以心鳞片相赠答谢救命之恩，俩人因此订下了终身相许相恋之约。　　“山中岁月容易过，世上繁华已千年”，素贞经过千年的修炼，终于蜕尽蛇身，得以化作人形，但仍无法对穹桑忘情，白素贞便将看守她的师父朱雀尊者打伤后，随即私逃下凡，找寻投胎转世的穹桑。　　千年后，南宋年间，素贞来到钱塘遇上了妖怪强娶民女，素贞发现他是个小青蛇妖，手下留情收伏小青蛇，从此俩人以主仆相称，却和素贞情同姐妹。　　穹桑转世投胎的许仙在杭州西湖畔义诊时，与青白二蛇不期而遇了，宿世之缘所牵引而起的似曾相识之感早已若有似无的回荡在许仙和素贞两人一来一往的眼神间，爱慕之意油然而生。　　此时，天空忽然雷电交加下起大雨，同船渡湖，许仙便将伞借给这对美丽的姊妹。　　无奈千年前爱慕白素贞的玄武尊者转世为法海和尚，宿命纠缠，使得法海依天律戒护者降妖伏魔之名，手持金钵欲将白蛇与青蛇擒回梵天。但法海仍难舍弃情爱，纵放素贞多次，此行径让火麒麟看在眼里是又妒又恨。　　几天后，白素贞得知许仙得罪当地富商金百万，陷害许仙用药不当害死当朝官员，贿赂县官将许仙定死罪。幸有白素贞和小青的帮忙，查出真相，还许仙清白，逃过死劫，轻判发配苏州三年。　　白素贞和小青便来到苏州，暗中帮忙许仙渡过多次难关，平息当地的瘟疫的传染。二人情感日益加深，两人欢喜结为夫妻。婚后，白素贞相助许仙在苏州开设药铺“保安堂”，开业济世，素贞贤淑，细心辅佐夫婿经营药铺，仁心仁术，当地人民无不称颂。　　法海遭人诬陷，指称法海杀了方丈，只好暂离金山寺，和火麒麟来苏州投靠白素贞和许仙！小青怀疑法海此次前来定有目的时对法海提防着。另一方面的许仙对佛法颇有兴趣，经常和法海论佛而渐成了好友。　　端午佳节，白素贞饮下雄黄酒，却现出原形吓死许仙，素贞救夫心切而赶至昆仑仙境求取仙丹，仙丹求取不成，只得硬抢，王母震怒，欲处死白素贞，幸观音大士出手相救，救了夫妻两人。　　然而许仙苏醒后，在法海的诱说下不愿再和蛇妖一起，而素贞亦怀了许仙的骨肉。小青在身旁痛心地对其晓以大义后，许仙感动于与白素贞夫妻间的真情真意，拒绝到金山寺出家，却在法海的挟持下被带上金山寺。　　法海为一己之私，欲除去白素贞，将许仙强留于金山寺，目地为逼白素贞触犯天条，白素贞为救夫婿，联合小青前往金山寺要人，法海咄咄逼人，坚持人与妖怪不能结合。素贞忍无可忍，发动水族，水漫金山，誓和法海一较高下，不料却使无辜镇江百姓沦为波臣，因而犯天条。　　因此时的白蛇已经身怀六甲，仍不敌法海，反被压在雷峰塔下。最后在火麒麟和青蛇的协助下，终于打败法海，并除去魔界的祸害——蜈蚣精百足真人，让许仙与白蛇夫妇团圆。　　但就在素贞生下孩子仕林之后，法海以昔日素贞因帮夫心切，和小青数次偷盗库银及珍宝，害得许仙官司缠身，牢狱不断；为害人群，戏弄官府，加上水漫金山，生灵涂碳，是为天理所不容。而将素贞镇于雷峰塔下，告其曰：“二十年之后，待文曲星中状元之日，就是你出塔之时……”。许仙伤心欲绝，将仕林交予姐姐抚养，独自前往金山寺出家，以弥补罪过，为素贞赎罪早日出塔。　　一段传咏千年的美丽爱情故事，再次唤醒善良坚贞的爱情，触动人心。